Il flusso di gestione documentale è descritto nel Manuale di Gestione del Protocollo Informatico che viene aggiornato in funzione delle modifiche di trattamento. La documentazione intestata all'Ente od a dipendenti dello stesso viene consegnata interamente all'Ufficio Protocollo il quale provvede sempre all'apertura delle buste (tranne che per le procedura di gara o nei casi riservati e personali).
Provvede poi alla protocollazione, scansione della documentazione secondo le disposizioni contenute nel Manuale e successiva assegnazione all’Ufficio Responsabile di procedimento con contestuale smistamento del cartaceo. Provvede anche allo scarico e protocollazione dei documenti arrivati attraverso la PEC istituzionale con successiva assegnazione all'Ufficio competente in materia.In questo caso non avviene smistamento cartaceo, tranne che in rari casi, e la lettura della documentazione in arrivo avviene attraverso le funzionalità della intranet.
Per la posta in uscita attualmente l’Ufficio Protocollo assume la funzione di collettore per l’intero Ente, ivi compresa la spedizione attraverso la PEC istituzionale.
Gestisce di conseguenza i rapporti con il servizio postale, secondo le modalità da questo richieste, per la consegna della posta ordinaria e per quella raccomandata ed i pacchi. 

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